자살이라고도 타살이라고도 결론을 내리지 않은 채, 1949년(쇼와 24년) 12월 31일에 ‘시모야마 사건 특별수사본부’(下山事件特別捜査本部)는 해산되었다. 수사 제1과는 자살으로 결론내려 발표하려 했지만, 아무런 발표도 없었다. 그리고 강유의 출처 등 의문점에 대한 집요한 추적을 계속하며 타살을 염두에 두고 수사를 하고 있던 경시청 수사 제2과도 1950년(쇼와 25년)에 수사관들이 돌연 전임되어 큰 폭으로 규모를 축소, 사실상 수사는 중지되었다.

경시청 시모야마 사건 특별수사본부가 1949년 12월 15일에 작성한 내부자료 〈시모야마 국철 총재 사건 수사 보고〉(下山国鉄総裁事件捜査報告, 이른바 〈시모야마 백서下山白書〉)」는 1950년 1월에 《분게이슌주》(文藝春秋)와 《카이조》(改造) 지상에 게재되었다. 백서의 내용은 자살로 몰아가는 것이었지만, 야다 키미오나 마쓰모토 세이초(松本清張) 등은 보고서 내용의 모순점들과 사실 오류를 줄곧 지적했다.

1964년(쇼와 39년) 7월 6일, 살인 사건이었을 경우의 공소시효 15년이 만료됨으로써, 이 사건은 영구 미제로 남게 되었다.