모든 회원국은 항소심, 분쟁해결기구, 다자간회의를 제외한 모든 이사회, 위원회 등에 참여할 수 있다. 세계무역기구는 여러 단계의 계층적 조직을 가진다.

최고 단계: 각료회의[편집]
세계무역기구의 최고의사결정기관은 각료회의이다. 이는 최소한 2년에 한 번은 개최되는 비상설 기관이다. 각료회의는 모든 회원국을 소집하며 모든 협정에서 발생하는 모든 문제에 대한 결정을 내릴 수 있다. 제1차 각료회의는 1996년 싱가포르에서 개최되었다.

2차 단계: 일반이사회[편집]
일상적인 문제는 일반이사회, 분쟁해결기구, 무역정책검사기구의 3기구에서 다루어진다.

일반이사회 - 일반이사회는 제네바에 위치한, 최고 수준의 의사결정기관이며, 세계무역기구의 역할을 수행하기 위해 규칙적으로 소집된다. 이는 모든 회원국 정부가 파견한 대표(대개 대사나 동등한 직위)로 구성되며, 매 2년 개최되는 각료회의를 대신하여 직무를 행할 권리가 있다. 이사회는 세계무역기구의 모든 사무를 각료회의를 대신하여 이행한다. 현재 의장은 케냐의 아미나 모하메드이다.
분쟁해결기구 - 분쟁해결기구는 모든 회원국의 대표(대사나 동등한 직위)로 구성된다. 현재 의장은 노르웨이의 Eirik GLENNE이다.
무역정책검사기구 - 일반이사회는 회원국의 무역 정책을 검사하기 위해 무역정책검사기구를 구성한다. 그러므로 무역정책기구는 모든 회원국에게 열려있다. 현재 의장은 캐나다의 돈 스피븐슨이다.
3차 단계: 상품이사회 등[편집]
상품이사회는 일반이사회 하에 존재한다. 이는 서로 다른 역할을 수행하는 상품이사회, 서비스이사회, 무역관련 지적재산권이사회의 3개 이사회로 구성된다. 이러한 3개의 이사회와는 별개로, 6개의 다른 기구가 있으며 이러한 기구에서는 일반이사회에 무역, 개발, 환경, 지역무역협정, 가입 등의 문제를 보고하는 역할을 한다.

상품이사회 - 상품의 국제 무역을 정의하는 관세 및 무역에 관한 일반협정(GATT)의 역할은 현재 상품이사회 소관이다. 이는 모든 회원국의 대표로 구성된다. 현재 의장은 핀란드의 Vesa Tapani HIMANEN이다.
무역관련 지적재산권이사회 - 무역관련 지적재산권에 관한 모든 협정 및 이와 관련된 세계무역기구의 문제는 무역관련 지적재산권이사회의 소관이다. 현재 의장은 대한민국의 최혁이다.
서비스이사회 - 서비스이사회는 일반이사회의 규정하에서 서비스무역 관련 일반협정을 감독하는 역할을 수행한다. 모든 회원국에 열려 있으며, 임의의 보조기구를 생성할 수 있다. 현재 의장은 콜롬비아의 Claudia URIBE이다.