시모야마 총재는 동부 이세사키 선 관리하의 국철 조반 선 하행 방면(미토 방면) 선로 위에서, 그 부근을 0시 20분에 통과한 화물열차 제869열차(D51 651호)에 의해 역단당한 것으로 밝혀졌다.[주해 3] 시체의 사법 해부(부검)의 지휘를 맡은 도쿄대학교 법의학 교수주임 후루하타 다네모토(古畑種基) 교수는 회수된 시모야마 총재의 시체에 새겨진 상처를 ‘생체 반응’(生活反応)으로 인정하지 않고 사후역단으로 판정했다. 해부의 집도는 동 해부학 교실의 쿠와시마 나오키(桑島直樹)강사가 맡았다.

또한, 시체의 손상이 극심하기는 했지만, 시체 및 역단 현장에서 혈흔이 거의 발견되지 않아, ‘실혈사’[주해 4]의 가능성이 제기되었다.[주해 5] 게다가 시체의 음부 등 특정 부위에서만 내출혈 등의 ‘생체 반응’이 있는 상처가 확인되었는데, 이것으로 미루어 볼 때, 살아 있을 때 해당 부위에 상당한 힘이 가해졌다는 것을 예상할 수 있었기에 사타구니를 걷어차였다거나 하는 폭행의 가능성도 제기되었다.

한편, 현장 검증으로 시체를 검시했던 도쿄 도 감찰의무원 야소시마 신노스케(八十島信之助) 감찰의는, 지금까지의 역사체[주해 6] 검시 경험으로 미루어 생각하고, 이미 현장 검증 단계에서부터 자살이라고 단정을 내리고 있었다. 시체의 음부 등 특정 부위에 나타난 내출혈의 ‘생체 반응’을 나타낸 상처는 로드킬 시체에서 흔히 발생하는 표면 현상이고, 혈액 반응이 너무 적은 것도 시체 발견 당시 현장 주변에 내린 비에 씻겨 내려가 확인할 수 없었던 것에 불과하다고 진단하며 타살의 근거가 될 수 없다고 주장했다.

게이오기주쿠 대학의 나카다테 큐헤이(中舘久平) 교수도 생체역단을 주장(다만, 나카타테 교수는 시모야마 총재의 시체를 직접 본 적이 없다)했다. 자살의 근거가 되는 ‘생체역단’[주해 7]으로 볼 것인가, 타살의 유력한 근거인 ‘사후역단’[주해 8]으로 볼 것인가를 두고 의견 대립이 일어났다.[주해 9] 1949년(쇼와 24년) 8월 30일에는 후루하타 교수, 나카다테 교수, 고미야 쿄카이(小宮喬介; 당시 나고야 의과대학 교수)의 세 사람의 법의학자가 중의원 법무위원회에 참고인으로 불려가 국회와 법의학계가 얽힌 대논쟁이 벌어졌다. 법무위원회의 질문에 대해 후루하타는 “해부를 집도한 쿠와시마 박사는 아직 공식적으로 타살, 또는 자살 여부를 밝히지 않았다. 사후역단이라는 해부소견을 밝힌 것 뿐이다. 연구는 계속중이며, 연구 결과도 모르는 사람이 마음대로 추론하는 것은 학자적 태도가 아니다.”[주해 10]라고 말했다.